O presente trabalho tem por finalidade apresentar os números de casos de covid utilizando dados geolocalizados e mapas interativos. O banco de dados utilizado é referente ao município de Sergipe e contém as informações de casos confirmados do vírus no mês de novembro de 2022. O código completo pode ser acessado no github.
library(tidyverse)
library(leaflet)
library(sf)
library(knitr)
library(kableExtra)
library(htmltools)
# lendo arquivo dados covid
dados<-read.csv("cases-brazil-cities-time_2022.csv")
# lendo dados de latitude e longitude das cidades brasileiras
urlfile <- "https://raw.githubusercontent.com/kelvins/Municipios-Brasileiros/master/csv/municipios.csv"
cities_lat_lng <- read.csv(urlfile,encoding = "UTF-8")
library(rmarkdown)
paged_table(covid19)
map_cities <- leaflet(covid19) %>%
addTiles() %>%
addMarkers(lat= covid19$latitude,
lng= covid19$longitude,
popup = paste0("<b>Cidade: </b>", covid19$nome,"<br>",
"<b>Total de Casos: </b>", covid19$t_newCases),
group = "addMarkers",
clusterOptions = markerClusterOptions())
map_cities
map_total_cases <- leaflet(covid19) %>% addTiles() %>%
addProviderTiles(providers$CartoDB.Positron) %>%
addCircleMarkers(lat= covid19$latitude,
lng= covid19$longitude,
radius = ~sqrt(covid19$t_newCases),
fillOpacity = 0.5,
stroke = F,
popup = paste0("<b>Cidade: </b>", covid19$nome,"<br>",
"<b>Casos Confirmados: </b>", covid19$t_newCases),
label = covid19$nome)
map_total_cases
#lendo shapefile de sergipe
se_sf <- st_read('SE_Municipios_2021.shp', quiet = T)
#unindo os dados de COVID-19 com as geometrias das cidades.
se_sf <- se_sf %>% filter(CD_MUN %in% covid19$ibgeID)
se_sf <- left_join(se_sf, covid19, by = c("CD_MUN" = "ibgeID"))
## define cores para cada conjunto numérico
pal <- colorNumeric(palette = "Reds", domain = se_sf$t_cases100)
# heatmap dos casos de covid-19, por 100 mil habitantes, em SE.
map_100k <- leaflet(se_sf %>% filter(!is.na(t_cases100), t_totalCases >0)) %>%
addProviderTiles(providers$CartoDB.Positron) %>%
addPolygons(data = se_sf,
smoothFactor = 0.5,
fillOpacity = 0.5,
weight = 0.5,
color = ~pal(t_cases100),
opacity = 0.8,
highlightOptions = highlightOptions(color = "black",
weight = 2,
bringToFront = TRUE),
popup = ~paste0(sep = " ",
"<b>Cidade: </b>", nome, "<br>",
"<b>Total de casos: </b>", t_totalCases, "<br>",
"<b>Casos por 100k habitantes: </b>", t_cases100),
label = ~nome) %>%
addLegend("bottomright",
title = "Casos confirmados por<br>100k habitantes",
pal = pal,
values = ~t_cases100,
opacity = 0.8)
map_100k